Books
- Carbone, Gromov, Hardy, Képès & Westhof (2004). Proceedings of the Deuxièmes Entretiens de Bures "Folding and self-assembly of biological macromolecules" (400 pages). World Scientific, ISBN 981-238-500-2.
- Bourgine, Képès & Schoenauer, editors (2005). Proceedings of the European Conference on Complex Systems 2005 (1000 pages + CD-ROM) I6doc, Brussels.
- Képès, editor (2007). Biological networks. "Complex systems and inter-disciplinary science" series, Vol. 3 (516 pages). World Scientific, Singapour; ISBN 978-981-270-695-9.
Proceedings of the annual Thematic Research School (since 2002)
Textbooks
- 2002 Dardel, F. et Képès, F. (2002). "Bioinformatique: Génomique et post-génomique". Éditions de l'École Polytechnique (250 pages).
- 2006 Dardel, F. and Képès, F. (2006). "Bioinformatics: Genomics and post-genomics". Wiley, UK (241 pages).
Book Chapters
- Rambourg, A., Delosme, J.-M., Incitti, R., Satiat-Jeunemaître, B., Tracqui, P. and Képès, F. (2002). Modeling the dynamics of secretory compartments. Proceedings of the Autrans seminar (eds. Amar, Képès, Norris & Tracqui), p. 147-168.
- Képès, F., Rambourg, A. and Satiat-Jeunemaître, B. (2005). Morphodynamics of the secretory pathway. International Review of Cytology 242, p. 55-120. REQUEST A PAPER REPRINT !
- Képès, F. (2006). Morphodynamique de la voie sécrétoire. In Morphogenèse, l'origine des formes (eds. Bourgine & Lesne), p. 129-152 (Belin, Paris). ISBN 978-2-7011-4471-9.
- Képès, F. (2007). Transcriptional networks (Chapter 4). In Biological networks (ed. Képès). "Complex systems and inter-disciplinary science" series, Vol. 3, pp. 83-131 (World Scientific, Singapore). ISBN 978-981-270-695-9.
- Képès, F. (2007). Formalismes mathématiques : des standards de fait. In Biologie systémique, standards et modèles (ed. Roux), pp. 199-214 (Ecrin; Omniscience). ISBN 978-2-916097-12-1.
- Leclercq, S. and Képès, F. (2008). Épigénomique et Morphodynamique. Proceedings of "Déterminismes et complexités: de la physique à l'éthique (autour d'Henri Atlan)" (eds. Bourgine, Chavalarias, Cohen-Boulakia), (La Découverte). ISBN 978-2-7071-5090-5.
- Poudret, M., Comet, J.-P., Le Gall, P., Képès, F., Arnould, A., Meseure, P., Verbavatz, J.-M. and Rambourg, A. (2008). Toward a computer-aided methodology for topology-based simulation of the Golgi apparatus. Proceedings of the Lille Thematic School (eds. Amar, Képès, Norris & Vandenbunder), p. 89-104 (EDP Sciences). ISBN 978-2-7598-0075-9.
- Rambourg, A., Daraspe, J., Képès, F. and Verbavatz, J.-M. (2008). Morphodynamics of the yeast Golgi apparatus. In "The Golgi complex: the state of the art 110 years after Camillo Golgi's discovery" (eds. Mironov, Pavelka), p. 630-646 (Springer). ISBN 978-3-211-76309-4.
- Képès, F. (2011). Morphodynamics of secretory endomembranes. In Morphogenesis - Origins of patterns and shapes (eds. Bourgine & Lesne), p. 119-141 (Springer: complexity, New York). ISBN 978-3-642-13173-8.
- Rohlf, T., Junier, I. and Képès, F. (2011). Evolution of spatially optimized gene networks. Proceedings of the Sophia Antipolis Spring School (eds. Amar, Képès & Norris), p. 75-90 (EDP Sciences). ISBN 978-2-7598-0644-7.
