Mohamed Elati,
Céline Rouveirol Unsupervised Learning
for Gene Regulation Network Inference from Expression Data: A Review. In
book "Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques,
Approaches
and Applications", M. Elloumi and A. Y. Zomaya (Eds), Wiley, To appear
Etienne
Birmelé, Mohamed
Elati,
Céline Rouveirol,
Christophe Ambroise
Identification
of
functional modules based on transcriptional regulation structure.
In
BMC Proceedings,
S4:1753-6561,
2008. [url]
Mohamed
Elati, Pierre Neuvial, Monique Bolotin-Fukuhara, Emmanuel
Barillot, François
Radvanyi and Céline Rouveirol
LICORN: learning
co-operative
regulation networks from expression data. In Bioinformatics, 23:2407-2414, 2007.
[url]
Mohamed
Elati,
Céline Rouveirol,
François Radvanyi Fouille de données pour l'extraction de grands
réseaux de régulation génétique. Modélisation et
simulation
pour la post-génomique, Technique et science informatiques RSTI
série TSI vol 26: 173-196, 2007.
[url]
Conference proceedings
Mohamed Elati,
Rim Fekih, Remy Nicollle, Ivan Junier, Joan Herisson, François Képès. Boosting binding sites
prediction using gene’s positions. Algorithms in Bioinformatics - 11th International Workshop,WABI'11 , LNCS, 6833: 92-103, 2011
Chloé
Sarnowski, Pablo Carbonell, Mohamed Elati
and Jean-Loup Faulon.
Prediction of
catalytic efficiency to discover new enzymatic activities. In
Proceedings
of the International Workshop
on Machine Learning in Systems Biology MLSB'10,
pp. 153-56, Edinburgh,
2010.
Mohamed Elati,
Rim Fekih, Remy Nicollle, Joan Herisson, Ivan Junier, François Képès. Boosting binding sites
prediction using gene’s positions. Actes
de la 11ème conférence francophone
d'apprentissage
automatique CAP'10, Cépaduès RNTI, pages 440-446, 2010.
K.
Benabdeslem, M.
Elati, H. Kheddouci, R. Kanawati, C. Rouveirol Actes de l'atelier
“Apprentissage et Graphe pour les Systèmes complexes” Dans le cadre de la
plate-forme AFIA 2009 (Association Française de l'Intelligence
Artificiel), 60 pages, 2009.
Ivan
Junier, Joan Hérisson, Mohamed Elati,
François Képès Gene position scoring
within transcription regulation networks. Workshop “Algorithms
in Bioinformatics”, 2008.
Mohamed
Elati, Céline Rouveirol Recherche adaptative de
structures
de régulation génétique. Actes des
8ème
Journées Francophones Extraction et Gestion de Connaissances EGC'08,
Cepadues
RNTI, pp. ,
2008. [pdf]
Etienne Birmelé, Mohamed Elati,
Céline Rouveirol,
Christophe Ambroise
Identification
of
functional modules based on transcriptional regulation structure. In
Proceedings
of the International Workshop
on Machine Learning in Systems Biology MLSB'07,
pp. 35-40, Evry,
2007.
[slide]
Mohamed Elati,
Pierre
Neuvial, Céline Rouveirol, Emmanuel Barillot and François
Radvanyi A methodology for
discovering
cooperative regulatory pattern from ternary gene expression data. Actes de la 9ème
conférence francophone d'apprentissage automatique CAp'07, Cépaduès
Editions, pp 91-106, Grenoble, 2007. [pdf]
Mohamed Elati,
Céline Rouveirol Génération des
associations sous contrainte adaptative. Atelier
Bases de
Données Inductives BDI'07
organisé dans le cadre de la plate-forme AFIA, Grenoble,
juillet 2007.
Mohamed
Elati, Céline Rouveirol, François
Radvanyi Mining transcriptional
regulatory
logic from expression data. In
Proceedings of the 3th
Conference of the Integrative Post-Genomic IPG'05,
Lyon, 2005
Mohamed Elati,
Céline Rouveirol, François Radvanyi Modelling and mining
transcriptional regulation from expression
data.
Actes
des
Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques JOBIM'05,
pp. 146-156,
Lyon, 2005.
Mohamed Elati,
Céline Rouveirol, François Radvanyi Apprentissage de
signatures de
facteurs de transcription à partir des données
d'expression. Actes
des 5ème
Journées Francophones Extraction et Gestion de Connaissances EGC'05,
RNTI 2:667-672, Paris, 2005. [pdf]
PhD
in machine learning with application to
system
biology (2004-2007)