Publications



Journal papers and books

  • Mohamed Elati, Céline Rouveirol 
    Unsupervised Learning for Gene Regulation Network Inference from Expression Data: A Review.
    In book "Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications", M. Elloumi and A. Y. Zomaya (Eds), Wiley, To appear

  • Etienne Birmelé, Mohamed Elati, Céline Rouveirol, Christophe Ambroise
    Identification of functional modules based on transcriptional regulation structure.
    In BMC  Proceedings, S4:
    1753-6561, 2008. [url]

  • Mohamed Elati, Pierre Neuvial, Monique Bolotin-Fukuhara, Emmanuel Barillot, François Radvanyi and Céline Rouveirol
    LICORN: learning co-operative regulation networks from expression data.
    In Bioinformatics, 23:2407-2414, 2007. [url]

  • Mohamed Elati, Céline Rouveirol, François Radvanyi
    Fouille de données pour l'extraction de grands réseaux de régulation génétique.
    Modélisation et simulation pour la post-génomique, Technique et science informatiques RSTI série TSI vol 26: 173-196,  2007.   [url


  • Conference proceedings



  • Mohamed Elati, Rim Fekih, Remy Nicollle, Ivan Junier, Joan Herisson, François Képès.
    Boosting binding sites prediction using gene’s positions. 
    Algorithms in Bioinformatics - 11th International Workshop,WABI'11 , LNCS, 6833: 92-103, 2011

  • Mohamed Elati, Rim Fekih, Remy Nicollle, Joan Herisson, Ivan Junier, François Képès.
    Boosting binding sites prediction using gene’s positions.
    Actes  de  la 11ème  conférence  francophone d'apprentissage automatique CAP'10, Cépaduès RNTI, pages 440-446, 2010.

  • K. Benabdeslem, M. Elati, H. Kheddouci, R. Kanawati, C. Rouveirol 
    Actes de l'atelier “Apprentissage et Graphe pour les Systèmes complexes”
    Dans le cadre de la plate-forme AFIA 2009 (Association Française de l'Intelligence Artificiel), 60 pages, 2009.

  • Ivan Junier, Joan Hérisson, Mohamed Elati, François Képès
    Gene position scoring within transcription regulation networks.
    Workshop “Algorithms in Bioinformatics”,  2008.

  • Mohamed Elati, Céline Rouveirol
    Recherche adaptative de structures de régulation génétique.
    Actes des 8ème Journées Francophones Extraction et Gestion de Connaissances EGC'08, Cepadues RNTI, pp. , 2008. [pdf]
  • Mohamed Elati, Céline Rouveirol, François Radvanyi
    Mining transcriptional regulatory logic from expression data.
    In Proceedings of the 3th Conference of the Integrative Post-Genomic IPG'05, Lyon, 2005
  • PhD in machine learning with application to system biology (2004-2007)

      I passed my PhD in between Machine Learning (LIPN, Université Paris-Nord Villetaneuse),
      Bioinformatics  (LRI, Université Paris-Sud Orsay) and  Molecular Biology (Institut Curie, Paris)